逮捕令剧场版故事讲述的是警察总部的集训终于结束了，已经一年多没有归队的夏实与美幸终于回到墨东署，继续执行着日常治安维护的勤务。某日警方根据报告查获了一批枪械，发现歹徒似乎正计划走私数量极为庞大的枪械进入东京市，遂积极展开调查。然而就在此时，东京市的交通管制设备突然遭到破坏，市区交通陷入一片混乱，并且接连发生一连串诡异不可解的事件。正当夏实、美幸及所有警务人员忙着四处处理解决问题时，墨东署竟遭一批重武装的恐怖份子趁虚入侵，大肆攻击。。。。。。