足球小将中学篇仍然是描述在日本内举行的全国中学生足球比赛，不过加插了不少新人物，包括前锋新田瞬、来自大阪的盯人后卫早田诚、一刚一柔的二人组合次藤洋及佐野满等等。而若林源三、本乡和岬太郎在此时期都已经分别离开日本。由主角大空翼带领的南葛在连番苦战下杀入决赛，决赛对手正是整项赛事被冷冻的日向小次郎所带领的东邦学园，两队爆发激烈对决后不分胜负，最终两队同得冠军，而大空翼于日本学界的足球生涯亦暂告一段落。