魔法少女奈叶国语版故事的主人翁是平凡的小学三年级学生高町奈叶，和经营咖啡馆的父母，以及身为学生的哥哥和姐姐，还有关係良好的朋友们，一起过著非常普通的日常生活，却在奇妙的际遇下和“异世界的少年”相逢。从此生活都改变了，如此的相遇让奈叶得到魔法的力量，她开始帮助异世界少年寻找散落在世界上的异世界的遗产“宝石之源”，并必须将其回收。在可以自由变身成小动物和人类的异世界少年的帮助下，奈叶凭自己的资质和意志将魔法之杖具现化。